Ich besitze auch mehrere E-Mail Konten. 
Man kann den Posteingang mit Regeln steuern. 
Ordner anlegen : 
Posteingang -> Mail Konto 1    
Posteingang -> Mail Konto 2
Regel erstellen : 
Eingehende E-Mail's an Konto 1 -> verschieben in Ordner "Posteingang -> Mail Konto 1  "
Eingehende E-Mail's an Konto 2 -> verschieben in Ordner "Posteingang -> Mail Konto 2  "
Beim durchsuchen kann man dann angeben, welcher Ordner durchsucht werden soll.