Deine Festplatte wird wahrscheinlich unabhängig von truecrypt auch noch einen Laufwerksbuchstaben haben. Da sie ja von Windows erkannt wird. Windows kann das Dateisystem aber nicht lesen, da es Gekryptet ist.
Wenn du nun mit Turecrypt mountest benutzt das einen anderen Buchstaben, deswegen kann Windows immer noch nicht dein eigentliches Laufwerk lesen, sondern nur das "virtuelle" von truecrypt.
Ich hab es so gemacht (hab auch eine interne HD gekryptet), entferne einfach den Laufwerkbuchstaben deines ursprünglichen Laufwerkes und mounte das Truecrypt-Laufwerk an der gleichen Stelle. Dann solltest du auch keine Probleme mit defragmentierungen haben. Zumindest kann ich mein gekryptetes Laufwerk mit o&o auch defragmentieren, wenn es denn mal gemountet ist.
Falls du nicht weißt wie man einen laufwerksbuchstaben entfernt ->
In deinem Startmenue ist entweder direkt oder in Zubehör ein Ordner der Verwaltung heißen sollte. Da drinen sollte es eine mmc nahmens "Computer Management" geben (oder das deutsche äquivalent). Das machst auf. Da gibt es dann Datenträgerverwaltung (unter Datenspeicher). Da werden alle deine Physikalisch angeschlossenen Laufwerke angezeigt. Da sollte auch deine USB-HD drin sein. Allerdings wird Windows kein Dateisystem anzeigen (gründe oben). Da klickst fleißig rechts drauf und gehst auf "Laufwerkbuchstaben und -Pfad ändern" und entfernst den dort stehenden. Anschließend kannst du im Truecrypt dein laufwerk an der Stelle mounten und solltest keine probleme mehr haben.
Alternativ kann man das auch über mmc snapins machen, aber dafür braucht man glaube mindestens Business, außerdem is mir das jetzt zu viel getippe :P
Allerdings weiß ich nicht ob windows sich diese Eigenschaften für USB-Festplatten merkt. Oder ob die wieder weg sind wenn man sie ab und anschließt. Musst mal testen.
Hoffe ich hab dich richtig verstanden und konnte helfen.
grüße,
Mageta